Debido a que el árbol de copal está escaseando considerablemente, se ve afectada la ecología, ya que si se llegase a extinguir el árbol de copal, se ocasionaría un desequilibrio ecológico, debido a que desaparecería parte de la flora en esta zona.

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La problemática de escasez actual, de no ser tratada a tiempo y prevenida, podría traer como consecuencia problemas posteriores, como lo sería el ya mencionado desequilibrio en la flora de Oaxaca, la cual es muy importante, pues Oaxaca es un estado con una gran diversidad y variedad en cuanto especies, tanto endémicas como las que se desarrollan de manera natural en los valles Centrales, de forma específica, y en los alrededores.

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Una de estas posibles consecuencias sería el hecho de que si se extinguiera el árbol de copal, también afectaría al árbol de palo verde, que es el árbol utilizado por los artesanos como materia prima alterna cuando el primero escasea, ya que lo empezarían a ocupar en cantidades mucho mayores para la producción de los alebrijes, y entonces iniciaría la misma problemática que surgió con el copal. La posible sobreexplotación del árbol de palo verde traería consigo un problema de posible peligro de extinción, lo cual traería más desequilibrio ecológico. La cadena se repetiría con cada árbol existente hasta acabas con el mismo problema en cada una de las especies de estos, de no diseñar un plan de desarrollo sustentable lo suficientemente efectivo para que no se vea afectada ni la producción del Alebrije, ni la producción del árbol de copal.